Анализ на микробиоту кишечника

Микробиота кишечника может многое рассказать о состоянии организма. Она меняется из-за инфекций и хронических заболеваний, после применения антибиотиков и других лекарств, при ослабленном иммунитете. Состав и численность бактерий зависят и от таких факторов как возраст, пол, образ жизни и рацион питания, психоэмоциональное состояние.

Исследования установили связь между изменениями кишечной микробиоты и заболеваниями сердечно-сосудистой системы, ожирением, диабетом 2 типа, аутоиммунными и аллергическими заболеваниями (атопический дерматит, астма) [1].

Когда могут назначить анализ на микробиоту кишечника

Хронические заболевания ЖКТ
Острые кишечные инфекции
Длительный приём антибиотиков
Склонность к диарее или запорам
Нарушения обмена веществ (например, при ожирении изменения микробиома обнаруживаются у 80% пациентов)
Аутоиммунные заболевания
Рецидивирующие инфекции.

Тест микробиоты кишечника может назначаться и в других случаях, когда у врача есть основания полагать, что она нарушена.

Оценка состояния микробиоты кишечника может проводиться разными методами. Они отличаются в зависимости от того, тонкий или толстый отдел исследуется, и насколько детальную информацию необходимо получить.

Анализ микробиоты тонкого кишечника

Состояние микробиоты тонкого кишечника оценивают при СИБР — синдроме избыточного бактериального роста, патологическом процессе, когда-либо повышается общее количество бактерий в тонкой кишке (в норме оно до 10⁵ КОЕ/мл), либо меняется соотношение бактерий, что приводит к нарушениям пищеварения.

Какие исследования проводят:

Посев аспирата тонкокишечного содержимого. Образец для анализа берут с помощью специального зонда/энтероскопа. Диагностически значимым считается содержание бактерий в тонкой кишке выше 10⁶ КОЕ/мл. Процедура сложная и продолжительная, но позволяет получить образцы непосредственно из тонкой кишки и точно оценить состав микробиоты кишечника.

Дыхательные тесты. Основаны на определении продуктов жизнедеятельности бактерий в выдыхаемом воздухе. При ферментации пищи бактерии выделяют водород и другие летучие соединения. Если их концентрация повышается в выдыхаемом воздухе раньше, чем пища достигает толстой кишки, можно говорить о патологическом разрастании микробиоты тонкой кишки. В качестве пищевых субстратов используют глюкозу или лактулозу. Дыхательные тесты менее точные, но простые и безболезненные, поэтому широко применяются в клинической практике.

Оценка состояния микробиоты толстого кишечника

Культуральный метод — посев микробных культур на питательных средах. Это анализ кала на микробиоту, его также называют анализом на дисбактериоз. Анализ позволяет определить просветную микрофлору, но не бактерии, которые живут на стенках кишечника. Это самый распространенный метод исследования микробиоты кишечника, используется для оценки качественного и количественного состава микрофлоры, поисков возбудителей кишечных инфекций, определения чувствительности к антибиотикам.

ПЦР микробиоты кишечника. Полимеразная цепная реакция относится к молекулярно-генетическим методам и основана на выделении ДНК бактерий. Современный метод, который позволяет определить наличие конкретных условно-патогенных и патогенных микроорганизмов, а также некоторых вирусов. Применяется для выявления сальмонеллы, шигеллы, клостридии и некоторых других патогенов.

Секвенирование. Генетический анализ микробиоты кишечника, основанный на определении и анализе ДНК микроорганизмов. Метод отличается высокой точностью, позволяет идентифицировать не только бактерии и вирусы, но и грибы и простейшие. Состав бактериальной микробиоты при этом определяется до уровня штаммов. Из-за сложности и дороговизны чаще применяется в научных исследованиях.

Метаболомный анализ. Основан на оценке метаболитов — веществ, которые выделяет микробиота в процессе жизнедеятельности (короткоцепочечные жирные кислоты, индол, фенол и др.). Проводится методами хроматографии и масс-спектрометрии. Его также называют исследованием микробиоты кишечника по Осипову — основы разработал российский учёный Г. А. Осипов [2]. Анализ позволяет определить видовой состав микробиоты, а также её функциональное состояние (насколько хорошо она работает). Может применяться при оценке антибиотикорезистентности.

Как проводится анализ кала на микробиоту

Наиболее распространенный анализ кала на микрофлору кишечника — бакпосев (культуральный метод). Биоматериал засевают на питательную среду и через 3−5 дней оценивают результаты: считают выросшие колонии, идентифицируют микроорганизмы и определяют соотношение разных видов.

Кал доставляется в лабораторию в стерильной таре, чтобы исключить попадание микробов.

Если был или планируется курс антибиотиков, исследование проводят либо до начала лечения, либо через две недели после него. Перед забором биоматериала желательно исключить из рациона пробиотики, так как они могут существенно повлиять на состав микрофлоры. За 72 часа до исследования нужно отказаться от ректальных свечей, масел и клизм.

Что показывает анализ на микробиоту кишечника

Анализ микрофлоры может показать недостаток или наоборот избыток определенных бактерий, наличие патогенов, которых в норме быть не должно. Он позволяет выявить дисбактериоз — патологическое изменение состава микрофлоры, которое часто становится причиной неприятных симптомов — диареи, вздутия, болей в животе.

В оценке результатов ориентируются на референсные значения. Вот нормы отраслевого стандарта «91 500.11.0004−2003. Дисбактериоз кишечника».

* - Klebsiella, Enterobacter, Hafnia, Serratia, Proteus, Morganella, Providecia и др.
** - Pseudomonas, Acinetobacter и др.

Изменения в микробиоте кишечника корректируют с помощью диеты, пробиотиков и пребиотиков, в редких случаях — пересадкой микрофлоры. Добавление в рацион пищевых волокон и пробиотиков, ограничение простых углеводов, сахара во многих случаях позволяет нормализовать состояние микробиоты в течение 2−4 недель.